دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه فردوسی مشهد در سال ۱۳۳۷به نام دانشکده علوم معقول و منقول با دو رشته معقول (فلسفه و حکمت اسلامی) و منقول (فقه) تاسیس شده است.

از سال ۱۳۴۸ نام این دانشکده، به الهیات و معارف اسلامی تغییر یافته و در سه رشته: فقه و مبانی حقوق‏اسلامی، فلسفه و کلام اسلامی، فرهنگ اسلامی و رابطه آن با تمدن ایرانی دانشجو پذیرفته است. افزون بر این از سال ۱۳۴۹ دو گروه آموزشی به نام های مبانی تشیع و ادیان و مذاهب، قرآن و حدیث و متون عربی به عنوان دو رشته فرعی فعالیت آموزشی داشته است.

در سال ۱۳۶۲که دانشگاه‌ها پس از یک وقفه سه ساله بازگشایی شدند، کلیه رشته‏های این دانشکده در هم ادغام شده به نام رشته الهیات و معارف اسلامی با دو گرایش دبیری و آزاد به کار خود ادامه داد. در بهمن ماه ۱۳۶۵ رشته آزاد الهیات به پنج گرایش:فقه و مبانی حقوق اسلامی، فلسفه و کلام اسلامی، علوم قرآنی و حدیث، فرهنگ اسلامی (تاریخ و تمدن اسلامی) و مبانی تشیع و ادیان و مذاهب تقسیم گردید.

از سال تحصیلی ۷۰- ۱۳۶۹ دانشکده دارای پنج گروه آموزشی: مبانی تشیع و ادیان و مذاهب (ادیان و عرفان تطبیقی)، تاریخ و تمدن اسلامی، علوم قرآن و حدیث، فقه و مبانی حقوق اسلامی، فلسفه و حکمت اسلامی بود که در سال ۱۳۸۳ گروه معارف اسلامی نیز به دانشکده الهیات پیوست.